В недалеком будущем человечество оказалось на грани вымирания из-за загадочных метеоритов, смерть от которых наступала молниеносно и невидимо. Страх охватил мир, а ученые бессильно сталкивались с загадкой, пока не выяснилось, что внутри этих камней таится зловещая сущность фантомы. Чтобы спасти остатки человечества, людей эвакуировали на орбиту, где они выживали под энергетическими щитами. С годами научное сообщество разработало биотехнологическое оружие, способное собирать и манипулировать энергией, необходимое для борьбы с фантомами. Постепенно жизнь возвращалась на Землю, города оживали, но угроза невидимых врагов оставалась. Аки Росс, одна из выживших, перенесла болезнь, вызванную контактом с фантомами, но ей суждено было выжить благодаря изобретению доктора Сида. Ее история стала символом надежды и решимости в борьбе против неизвестного врага.
Присоединившись к научным работам, она стремилась не только выяснить природу фантомов, но и покончить с их угрозой раз и навсегда. Однако ее путь был заполнен не только научными открытиями, но и интригами военных. Генерал Хейн, стремясь сохранить контроль над ситуацией, вступил в опасную игру, пытаясь помешать усилиям Аки и доктора Сида. Но даже в лице военных препятствий и интриг Аки не сдавалась, понимая, что на кону не только ее собственное выживание, но и будущее всего человечества. В это аниме "Последняя Фантазия: Духи внутри" описывается эпическая борьба за выживание и понимание, смешивая в себе научную фантастику с элементами триллера и драмы. Каждый персонаж несет в себе свою историю, свои страхи и мечты, но все они объединены общей целью спасти мир от невидимой, но чрезвычайно реальной угрозы.