На протяжении последних двенадцати лет, в азиатской стране под названием Газс-Соника, бушует беспощадная гражданская война. Причины её возникновения остаются окутанными тайной, а надежды на мир кажутся призрачными. Среди хаоса и разрухи, что стали повседневной реальностью, живёт молодая девушка по имени Мадлакс. Она, словно тень, бесшумно скользит через этот кровавый конфликт, зарабатывая на жизнь как наёмный убийца. Её жизнь это череда жестоких миссий, выполняемых с холодной точностью и без малейших угрызений совести. Мадлакс работает на обе стороны конфликта, руководствуясь лишь одним принципом получение вознаграждения за выполненную работу. Безразличная к моральным устоям и принципам, Мадлакс живёт сегодняшним днём, не задумываясь о том, кого ей приходится устранять по приказу очередного заказчика. Её имя стало легендой в тёмных коридорах войны, а её бесстрашие и эффективность вызывают страх и уважение. Но один день меняет всё в её, казалось бы, предсказуемой и прагматичной жизни. Мадлакс узнаёт о существовании девушки, находящейся на другом конце планеты, с которой её связывает двенадцатилетнее прошлое, о котором она даже не подозревала.
Это открытие становится переломным моментом для Мадлакс. Связь с другим человеком, с которым её объединяет общая история, заставляет героиню пересмотреть свои жизненные принципы и методы. Впервые перед ней встают вопросы, касающиеся её собственной идентичности и морали. Внезапное осознание родства с другой душой приносит в её жизнь эмоциональные и нравственные потрясения, о которых она ранее не имела ни малейшего представления. По мере того как она углубляется в своё прошлое и пытается понять, кем она была и кем она стала, Мадлакс сталкивается с новыми испытаниями и дилеммами. Её работа, её безразличие к жизни других людей, её холодный профессионализм всё это ставится под сомнение. События разворачиваются с такой скоростью, что героине приходится искать новые смыслы и цели в жизни. Теперь перед ней стоит задача не просто выживать в мире хаоса, но и найти ответы на вопросы, которые не давали ей покоя. В этом поиске она откроет для себя новые грани собственного "я" и поймёт, что быть человеком значит не только принимать, но и изменять реальность вокруг себя.